创建 BioName 实例

BioName 类可接受由拉丁学名构成的 tuple、list或Pandas.Series 等可迭代对象进行实例化：

from ipybd import BioName

poa = BioName(["Poaceae", "Poa", "Poa annua", "Poa annua Schltdl. & Cham.", "Poa annua L.", None])

参与实例化的学名可以包含命名人（命名人的写法可随意），也可以不包含命名人（但包含命名人可以提高匹配精度），文本格式可以比较规范，也可以是不太规范的人工转录学名（但不能简写属名或种名）。

BioName 实例主要通过 get方法配合关键字从 powo、ipni、中国生物物种名录 获取相关学名的分类阶元、分类处理、物种图片、发表文献、相关异名等数据 。下面以获取上文 poa 实例对象在powo平台上的科属地位为例：

在线比对学名

poa.get('powoName')

Out:
[
  ('Poaceae', 'Barnhart', 'Poaceae'),
    ('Poa', 'L.', 'Poaceae'),
    ('Poa annua', 'L.', 'Poaceae'),
    ('Poa annua', 'Schltdl. & Cham.', 'Poaceae'),
    ('Poa annua', 'L.', 'Poaceae'),
    (None, None, None)
]

默认返回的结果是以 tuple 为元素的 list 对象，list对象中的各检索结果与检索词的位置一一对应，对于没有检索结果的值，则以None值补充并与其他各检索结果对齐，以方便直接将返回结果转换成表格的行列；若希望以 dict对象返回，在请求时则可以通过typ参数指定：

poa.get('powoName', typ=dict)  

Out:
{
  'Poaceae': ('Poaceae', 'Barnhart', 'Poaceae'),
    'Poa': ('Poa', 'L.', 'Poaceae'),
    'Poa annua': ('Poa annua', 'L.', 'Poaceae'),
    'Poa annua Schltdl. & Cham.': ('Poa annua', 'Schltdl. & Cham.', 'Poaceae'),
    'Poa annua L.': ('Poa annua', 'L.', 'Poaceae')
}

除了上述示例中的powoName参数，目前BioName的get关键字总共有 11 个，它们的作用分别是：

  • 'powoName': 获取 powo 平台相应学名的科属地位、学名简写和命名人信息；

  • 'powoImages': 获取 powo 平台相应学名的物种图片地址，每个物种返回三张图片地址；

  • 'powoAccepted': 获取 powo 平台相应学名的接受名；

  • 'tropicosName': 获取 tropicos.org 平台相应的学名；

  • 'tropicosAccepted': 或缺 tropicos.org 平台相应的接受名；

  • 'ipniName': 获取 ipni 平台相应学名的科属地位、学名简写和命名人信息；

  • 'ipniReference': 获取 ipni 平台相应学名的发表文献信息；

  • 'colName': 获取相应学名在中国生物物种名录中的科属地位、学名简写和命名人信息，需要特别注意：受限于 sp2000 接口的限制，若所检索的学名为异名，程序将无法判定检索结果的有效性而返回类似于无结果的 None；

  • 'colTaxonTree': 获取相应学名在中国生物物种名录中的完整的分类学阶元信息；

  • 'colSynonyms': 获取相应学名在中国生物物种名录中的异名信息;

  • 'stdName': 优先获取中国生物物种名录的名称信息，如果无法获得，则获取ipni的信息。

使用时，只需将上例get方法中的相应关键字替换为所需关键字即可。

BioName 提供了非常自由的数据操作空间，如果希望程序自动将查询的结果直接写入表格等数据框，可参考 FormatDataset 对象相关的学名处理方法。